AFA yarandığı gündən Azərbaycan Respublikasında fermerlərin və ailə təsərrüfatlarının üzləşdiyi problemlərin həll edilməsi, fermer və iri sahibkarlar, fermerlər və dövlət, fermerlər və media arasında sağlam dialoqun qurulması istiqaməti üzrə fəaliyyət göstərməkdədir. Fermerlərin, eləcə də kəndli təsərrüfatlarının bütün təbəqələrinin maraqlarının və hüquqlarının qorunması, ölkədə kütləvi fermer hərəkatının inkişafı, torpaq və təsəsrrüfat sahiblərinə dövlət dövlət dəstəyinə tövhələr verilməsi AFA-nın başlıca iş prinsipi olduğundan təşkilat aqrar sənayenin bütün iştirakçılarının assosasiyasıdır. Buna görə də təşkilata üzvlük könüllülük prinsipi əsasında iqtisadiyyatın aqrar sektorunun bütün iştirakçıları üçün sərbəstdir.

AFA -nın məqsədi fermerlərin və ailə təsərrüfatlarının üzləşdiyi problemlərin həll edilməsi, fermer və iri sahibkarlar, fermerlər və dövlət, fermerlər və media arasında sağlam dialoqun qurulması istiqaməti üzrə effektiv fəaliyyətin qurulması və bunla da rəqabətqabiliyyətli kənd təsərrüfatının inkişaf etdirilməsidir.

Azərbaycan Fermerlər Assosiasiyasının missiyaları ölkəmizdə fermer və ailə təsərrüfatlarının inkişafına yardım göstərmək, Azərbaycanda fermer və təsərrüfatçılıq mədəniyyətinin formalaşdırılmasına və inkişaf etdirilməsinə dəstək olmaq, Azərbaycanda fermerlərin ən yaxın tərəfdaşına çevrilmək, femerlərin problemlərini aradan qaldırılması üçün sağlam dialoq qurmaqdır.